在上一季结尾，原分子病毒已经接管了爱神星并威胁到整个太阳系的安全。此刻，一个更大的控制原分子病毒的阴谋被进一步揭开。与此同时，联合国副秘书长Avasarala和火星军人Bobbie Draper正试图说出真相，阻止一场地球和火星之间的战争。而第谷空间站首领Johnson欲借此机会与地球和火星平起平坐

棒球巨星佐藤建回到家乡日本，接手成为超级英雄奥特曼，担当保卫地球的任务，却很快就发现工作不如想像中简单，因为他被迫抚养头号大敌留下的孩子。