正在进行修业之旅的小智（松本梨香暂无内容配音）、小刚（うえだゆうじ暂无内容配音）、小遥（KAORI暂无内容配音）和小正（山田ふしぎ暂无内容配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり暂无内容配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行

小智（松本梨香暂无内容配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子暂无内容配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。　

晴朗时节，江户川柯南（高山南暂无内容配音）和毛利小五郎（小山力也暂无内容配音）、小兰（山崎和佳奈暂无内容配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸暂无内容配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌

风和日丽的一天，内裤大盗八宝斋（永井一郎暂无内容饰）洗劫风林馆高中女子更衣室，最终中了乱马（山口勝平暂无内容饰）的美人计，还遭到女生们的一通暴打。愤恨至际的八宝斋做出了神秘的春眠香，只要闻过此香整个冬天都不会醒来。八宝斋与乱马在家中进行攻防战，无意间却将香喷到小茜的身上。未过多久，小茜在课上沉沉睡去

柯南等人受邀前往大阪参与电影《大怪兽哥美拉VS假面超人》的揭幕式，但制片人米仓却在库房离奇死于巨大怪兽道具的身下。众人用来系住怪兽的绳子被锋利物体划断，大阪警署认为这绝不仅是一场简单的事故......

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝

照常进行修业之旅的小智（松本梨香暂无内容配音）、小刚（上田祐司暂无内容配音）、小霞（饭塚雅弓暂无内容配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击

95年に公開され大ヒットした、人気SFアクション・アニメ・シリーズの劇場版。1人の女性をめぐる男2人の争いや戦闘機同士の激しい闘いなどを、CGを駆使して描く。