在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……

和久隆（阪口大助 配音）、小高胜（保志总一朗 配音）、矢村大一（杉田智和 配音）、半井摩子（井口裕香 配音）等十五名少年少女，正满心希冀的准备迎接即将到来的暑假。就在此时，一位名为可可贝利的神秘男子突然出现，邀请孩子们参加一个电脑游戏。在游戏中，他们将会驾驶着巨大的机器人，和邪恶的外星物种进行战斗。

在这个灰暗宁静的城市里，住着一群生长着灰色羽翼的孩子们，有一个名为“灰羽联盟”的机构在暗中庇护着他们不受到外界侵扰，就这样，沉默的孩子们每一天都过着平静的日子。他们是谁？来自哪里？背后的翅膀有何含义？孩子们一概不知，他们诞生在此，成长在此，没有亲人，没有故乡，甚至没有回忆，他们唯一知道的事情是，只要

神凪和麻（小野大辅 配音）出生于使用炎术的名门之家，然而却因为缺乏才能而被父亲神凪严马（小山力也 配音）赶出了家门。在一次偶然中，和麻意外遇见了强大的风之精灵王，并与其签订了契约，拥有了风之圣痕，并成为了最强的风术师。　　一晃眼，和麻离开日本已经四年了，当他回到这片称之为故乡的土地之时，他想要拥有的