这部电影讲述了代号为死神（Reaper）的飞行员的故事，他是一名空军无人机飞行员，在南菲律宾支持一项三角洲部队特别行动任务。在任务严重出错后, 他需要在48小时内来补救已经演变成为一场疯狂的山地雨林营救行动。地面上，Sugar （苏格）和Abel（艾贝尔)中士被重新部署 任务，返回并找回他们抓获的人

继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。